Après Super Mario Sunshine, Bowser et Mini-Bowser s'étaient retrouvés seuls sur une île.
Il croisèrent alors un bateau. Malheureusement, c'était un Pianta pêcheur. Il accepta de les ramener à l'île Delphino.
Mais il les livra à la police. Bowser était condamné à 1 an de prison (Les Piantas sont assez cool !) et Mini-Bowser dût repeindre la ville, ce qui n'était pas un porblème avec son pinceau magique.
Les Piantas policiers étaient chargés de garder Mini-Bowser pendant que Bowser séjournait en prison. Mini-Bowser jouait à Super Mario Bros 3 sur sa Gameboy Advance SP même si son père lui avait interdit.
Après avoir réussi trois monde, il compris qu'il fallait battre les fils de Bowser.
Lors d'un visite dans la cellule de son père, Mini-Bowser dit alors : "Papa, c'est vrai que tu as eu des enfants avant moi ?
- Heu, oui mini-Bowser
- Mais pourquoi je ne les ai pas connu
- En fait, Nintendo a décidé de te créer et de remplacer mes enfants.
- C'est affreux ! Tu peux encore les revoir ?
- Je ne sais, ils disent que c'est du passé.
- Pourquoi ne peut-on pas se rencontrer ?
- Ils disent que ce n'est pas cohérent. C'est soit eux, soit toi.
- Moi, je veux bien laisser ma place quelques jeux à tes enfants pour que tu les retrouve.
- Tu sais, Mini-Bowser, ce n'est pas moi qui décide, c'est Nintendo. Tu comprends pourquoi maintenant, je m'en prend à leur mascotte !"